Pugnas entre los mandos militares mapochinos y su ministro de guerra
Chile tenía un gobierno elegido y estable, pero los desastres de la campaña naval demostraron que los estrategas de su flota no estaban preparados para la guerra y durante las campañas terrestres el ejército tendría también problemas de abastecimiento, ambulancias y mando.
Los desaciertos desataron la ira popular y habían obligado al gobierno a cambiar al comandante en jefe de la armada Williams Rebolledo por Galvarino Riveros y al comandante en jefe del ejército Justo Arteaga por Erasmo Escala, quien posteriormente renunciaría por desavenencias con el ministro de guerra Rafael Sotomayor, quedando al mando del ejército Manuel Baquedano.
En el plano de alianzas, Chile buscaba segregar Bolivia del pacto con Perú. Bulnes escribe: «El objeto de la política boliviana era ahora el mismo de Antes: conquistar Tacna y Arica para Bolivia, colocar a esta como Estado intermediario entre Chile y el Perú, creyendo que de esa manera Lima y el Perú entero se someterían a las condiciones de paz que se les impusieran. Esto se llamaba en el lenguaje convencional de los iniciados «arreglarse con Bolivia»».
Asimismo, el gobierno debía negociar con Argentina un tratado que fijase la frontera e impidiera su entrada en la guerra al lado de Perú y Bolivia. En el plano técnico, el gobierno de Chile reorganizó el ejército en divisiones, unidades que pueden vivir y combatir aisladamente, para lo que es necesario que tengan todas las armas (infantería, artillería, caballería) y los requeridos servicios (intendencia, sanidad, estado mayor, etc), impidiendo así que el comandante en jefe tuviera que dirigirse, para una operación cualquiera a cada uno de los jefes de cuerpo.
Tras la ocupación de la zona salitrera de Iquique, el gobierno chileno privatizó las oficinas que habían sido nacionalizadas por el estado peruano devolviéndolas a los tenedores de bonos peruanos.
La alternativa de crear una empresa estatal que gestionara la producción y venta del nitrato fue desechada por onerosa dado que el estado chileno debía financiar la guerra y movilizar al frente de guerra una parte importante de su fuerza de trabajo además de que los acreedores europeos de los bonos peruanos exigían el pronto pago de sus deudas. En 1879 el estado chileno comenzó a cobrar un impuesto de $0,40 por quintal métrico (100kg) de salitre exportado y en 1880 el impuesto aumentó a $1,60 por quintal métrico.
Perú y Bolivia habían acordado en el Protocolo de Subsidios que Bolivia debería pagar los costos de la guerra, lo que provocó resentimientos y temores en Bolivia dado que hipotecaba los ingresos fiscales bolivianos en circunstancias que allí se veía el envío del ejército a Tacna como una ayuda de Bolivia a Perú, más aun cuando se supo que no sería enviado a expulsar a los chilenos de Antofagasta sino que permanecería en Tacna para proteger la provincia peruana de Tarapacá.
Cuando Daza y sus oficiales llegaron a Tacna pudieron cerciorarse de que la capacidad militar peruana no era la imaginada por ellos y que su permanencia en el poder estaba en juego si era derrotado el ejército aliado. Querejazu sugiere que Daza utilizó la oferta chilena de una salida al mar por Tacna y Arica para presionar al Perú a revisar el Protocolo de Subsidios, lo cual logró.
Se puede solamente especular sobre las verdaderas razones que llevaron a Daza a retirarse a Bolivia antes de la batalla de Dolores, algunos dicen para conservar intacto su regimiento de los colorados, la base de su poder político en Bolivia. Sin embargo, su vergonzosa retirada solo aceleró su caída y fue reemplazado por Campero. Querejazu considera que sus «errores» en la conducción de sus tropas así como las de Campero y su división errante son una prueba de que Daza había sido comprado por Chile.
Dentro del gobierno de Campero se acentuaron las corrientes partidarias de romper la alianza con Perú y aceptar la oferta chilena de Tacna y Arica. Aunque esta opción nunca fue totalmente descartada, la alianza con Perú permaneció e incluso, tras la caída de Tacna y Arica fue aprobada la creación de los Estados Unidos Perú-Bolivianos, que nunca tuvo aplicación práctica. Bolivia cooperó con Perú con armas y dinero, pero sus fuerzas en Oruro nunca intentaron recuperar Antofagasta.
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