Se inicia la expedición Lynch en las ciudades del norte peruano
Inmediatamente después de la batalla de Dolores, el Ministerio de Guerra chileno propuso a su gobierno continuar con un desembarco cerca de Lima para acortar la guerra. Pero dentro del Ejecutivo se insistió en la realización de la llamada «política boliviana» que aseguraría la paz futura. Por esa razón, finalmente el gobierno decidió ocupar la región que es la salida natural de Bolivia al océano.
Tras un desembarco de reconocimiento el 31 de diciembre de 1879 cerca de Tacna y que se extendió hasta Moquegua, 11 000 soldados chilenos fueron desembarcados desde el 26 de febrero de 1880 y durante varios días en Punta Coles, cerca de Ilo, sin ser atacados por los aliados.
Paralelamente a esto, se envió una expedición de 2148 soldados a Mollendo, con el objetivo de destruir la infraestructura del puerto e impedir el abastecimiento de la guarnición de Arequipa que se hacía desde este lugar. Las operaciones en Mollendo fueron entre el 9 y el 12 de marzo, finalizando con el éxito de sus objetivos pero con grandes desmanes en el puerto ocasionados por algunos soldados chilenos.
En el avance chileno, tras el desembarco de sus fuerzas, se sucedieron varios enfrentamientos. El 22 de marzo se libró la batalla de Los Ángeles, donde las tropas chilenas derrotaron a una división peruana posicionada en una fuerte defensa natural, y cortaron con ello las comunicaciones de Tacna y Arica con Arequipa, es decir el resto del Perú.
El 26 de mayo el ejército chileno derrotó a las tropas aliadas en la batalla de Tacna (o Del Campo de la Alianza). El 7 de junio las últimas tropas aliadas fueron derrotadas en la batalla de Arica. Tras esta campaña los ejércitos profesionales del Perú y Bolivia dejaron de existir. Perú debió formar un nuevo ejército y Bolivia no continuó su participación militar en la guerra aunque si apoyó al Perú con armas y dinero. Ningún gobierno boliviano aceptó, durante la guerra, las ofertas chilenas de ocupar Tacna y Arica.
Expedición Lynch
Tras la ocupación de Tacna y Arica el gobierno chileno creía que Perú y Bolivia aceptarían la cesión de Tarapacá y Antofagasta o que por lo menos Bolivia buscaría asegurar una salida al mar y dejaría la alianza con el Perú. Sin embargo una corriente de la opinión pública chilena sostenía que la única forma de lograr la paz era la ocupación de Lima.
Con la intención de evitar la continuación de la guerra con una invasión a Lima, el gobierno de Chile preparó una expedición al norte del Perú que debía demostrar al gobierno de Piérola su propia incapacidad de continuar la guerra contra Chile. La expedición a Mollendo realizada entre el 9 y el 12 de marzo tuvo el mismo fin.
El 4 de septiembre zarpó de Arica una expedición de 2200 hombres al mando del capitán de navío Patricio Lynch, con el fin de imponer cupos de guerra a las ciudades del norte del Perú y a los ricos hacendados del norte, dañar bienes fiscales y por último impedir el desembarco y tránsito de armas.
El gobierno de Piérola declaró el pago a Lynch como traición a la patria de tal manera que los propietarios en Chimbote, Paita, Chiclayo y Lambayeque, quedaron entre dos fuegos a elegir: la destrucción de sus bienes por Lynch o más tarde por Piérola.
Algunos pagaron, otros no. Como resultado de las contribuciones de guerra se habían logrado reunir 29 050 libras esterlinas, 11 428 pesos de plata, 5000 pesos en papel moneda, algunas barras de oro y plata y gran cantidad de mercaderías y productos de esas regiones. Lynch capturó además un envío marítimo para el gobierno peruano, consistente en 7,5 millones de pesos impresos (billetes y estampillas) proveniente de los Estados Unidos.
Durante la expedición, las fuerzas chilenas encontraron en las haciendas peruanas a cientos de trabajadores chinos culí en condiciones de semiesclavitud, algunos de los cuales al ser liberados se incorporan voluntariamente a las fuerzas de Lynch como apoyo logístico, y también en la posterior campaña de Lima. La expedición duró 2 meses y sin la oposición de fuerzas peruanas.
Aunque los historiadores chilenos estiman que la actividad desplegada por Lynch tuvo base en el Derecho internacional, por ejemplo, Diego Barros Arana cita como base legal de la acción el artículo 544 del Le droit international codifié de Johann Caspar Bluntschli y Sergio Villalobos invoca los Principios del derecho Internacional de Andrés Bello, también la consideran dañina para la imagen de Chile; Gonzalo Bulnes escribe: «el glorioso ejército de Chile se presentaba ante el mundo civilizado como demoledor de ingenios de azúcar, y como destructor de edificios de labranza.»
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